Il 6 marzo 1910 fu consacrato il nuovo vescovo di Città di Castello, mons. Carlo Liviero. In quei mesi i ripetuti attacchi rivolti a Giovagnoli dai socialisti dovettero ripararlo dalle pressioni del mondo ecclesiastico conservatore. Il periodico “La Rivendicazione” nel giugno 1910 imprecò contro “la bastarda democristeria di don Giovagnoli” e si rivolse al sacerdote con queste parole: “Voi avete dell’intelligenza, voi avete dell’astuzia, voi avete della cultura: voi siete il solo che possa guidare verso nuovi destini l’accozzaglia clerico-moderata […] voi siete l’unico uomo di fiducia possibile per il nuovo vescovo Carlo Liviero”. Di lì a poco il periodico così definì il sacerdote: “È colto, di una vita privata intemerata, tutto lavoro e ministerio; ma politicamente parlando è un armeggione, un pusillo senza eguali; a lui preme la carriera…” E ancora: “Dopo aver tanto oscillato attorno alla democrazia cristiana [Giovagnoli] è tornato in grembo alla santa madre Maremmana”.
Nova Juventus si trovò di fronte a nuove e decisive difficoltà a partire dal giugno del 1911, quando venne reso noto lo statuto per i circoli diocesani. L’articolo 18 dichiarava: “A difesa della propria fede il circolo dovrà prendere parte nella lotta politica giacché è impossibile in certe circostanze escludere la religione dalla politica, quando da questa dipende la salvezza e la libertà di quella”. Tale impostazione era del tutto in sintonia con le idee di Liviero, che vedeva uno strettissimo nesso tra religione e politica ed esigeva un’assoluta compattezza dei cattolici a difesa degli interessi della Chiesa. Nova Juventus aveva invece improntato tutta la sua attività sul principio che i circoli dovessero restare “apolitici”, dedicandosi esclusivamente alla formazione religiosa e morale dei giovani, i quali, maturati spiritualmente e culturalmente, avrebbero poi fatto le proprie autonome scelte in campo politico. La differenza tra le due impostazioni rendeva difficile un compromesso.
Lo scontro decisivo avvenne nell’aprile del 1912. Liviero convocò gli aderenti a Nova Juventus e chiese loro se fossero “in tutto o in parte” con il papa. Alla domanda se ciò implicasse anche il sostegno ad eventuali rivendicazioni temporalistiche del pontefice, sembra che Liviero avesse risposto: “Diavolo, altrimenti non sareste buoni cattolici!” Fu allora che alcuni soci di Nova Juventus abbandonarono polemicamente l’incontro; altri rimasero, sottomettendosi al volere del vescovo. Subito dopo il circolo si sciolse. Liviero fondò un’altra associazione giovanile, il Patronato S. Florido. Giovagnoli, assente all’incontro, prese le distanze dai dissidenti e disciplinatamente accettò le indicazioni dell’autorità ecclesiastica.